I en helt almindelig kolonihaveforening på Amager tilbringer 10-årige Birger sommerferien med sin familie. Sammen med sin ferieven, Sammy, danner Birger den hemmelige spionklub, Krabaterne.
De sætter sig for at opklare, om den uhyggelige frk. Liljendal fra Månestien virkelig er en vaskeægte heks. Da frk. Liljendal bliver indlagt på hospitalet, får drengene fri adgang til hendes hus. Pigen Eva, den lede haveforeningsformand og en magisk kiste får helt tilfældigt drengene på sporet af ’Landet Bagved’, hvor en hemmelig skat ligger gemt.
Pludselig lander Krabaterne midt i 1001-nats eventyr. Men hvordan kommer de ud derfra? Finder de skatten? Og er det i virkeligheden den, de er på sporet af?

Krabaterne i Kongelunden er en sjov og farverig spændingshistorie for de 6-11-årige. En mini-krimi om venskab trods forskellighed, om pinlige voksne og om glæden ved at tjene flaskepant nok til at købe lakridspiber.