I asken fra kriminalassistent Madsens nedbrændte  hus finder Anders en gammel metalkasse. Den er fyldt med gamle journaler. Det er uopklarede  sager, som Madsen har efterforsket. Nu er han død.

I Farligt affald forsøger Anders og Kalle at opklare, hvordan liget af Berit Villum er havnet i en container bag en bar. Berit er blevet slået hårdt i baghovedet. Og hun er død af slaget. Berit arbejdede på den affaldscentral, som Anders og Kalles klasse nu skal besøge. På Affaldscentralen leder de efter spor. Men Anders og Kalle skal finde frem til tønder fyldt med farligt affald, før de finder nye spor i sagen.

Farligt affald er en del af serien Journal X og kan læses uafhængigt af de andre bøger i serien.