En mystisk ø. Et forladt børnehjem. En samling besynderlige fotografier.

Efter en hårrejsende familietragedie drager den 16-årige Jacob ud på en rejse, der fører ham til en fjern ø ud for Wales. Her finder han ruinerne af Frøken Peregrines hjem for sælsomme børn, og da Jacob begynder at undersøge stedet, går det op for ham, at de tidligere beboere var meget mere end blot sælsomme. De var muligvis farlige, og der kan have været gode grunde til, at de var isolerede på en øde ø. Hvad værre er: De er muligvis stadig i live …