Molly elsker Milo. Milo elsker Molly. De to teenagere er bedste venner og har altid gjort alting sammen. Lige indtil Milo springer ud som queer og non-binær og begynder at date piger, og Molly bliver til et sort hul af jalousi. Men det er ikke, fordi hun er forelsket i dem. Overhovedet ikke. Og selv hvis hun var, så ville en så sød og flot som Milo alligevel aldrig være interesseret i hende - vel? Som om det ikke er nok, finder Molly ud af, at hendes stedfar har en affære, og hendes sammensatte familie slår sprækker. Der er snart kaos på alle fronter, og selv om Molly prøver med vold og magt at holde fast i sit liv som det altid har været, synes alting at ændre sig samtidig.
Milo og Molly er ikke kærester er en medrivende ungdomsforelskelse med komiske elementer. Bogen reflekterer en ny generations mere frie forhold til køn og er samtidig en universel fortælling om forelskelse og om at vokse op og lære at acceptere livets forandringer.