På torvet i Skjulstrup står Tosse-Torben og sælger sin avis, Jagten på Sandheden! Han påstår, at der bor en kæmpe krokodille i byens kloakker. Da Amir taber sin yndlings-frisbee i kloakken, må han, Vega og Charlie ned og undersøge sagen, men kæmpekrokodiller er ikke de eneste krybdyr, der er løs dernede, og snart må de tre børn kæmpe for at redde byen.

Reptilernes oprør er femte bog i serien Jagten på sandheden, hvor tre børn efterforsker hemmeligheder og mysterier i byen Skjulstrup.