NELSON er en nørd. Han er kikset og klodset … en kæmpe KATASTROFE! Men da han vågner på sin 10-års fødselsdag, opdager han, at han er NINJA! DEN SIDSTE NINJA I VERDEN!
Nelson og Kenny er blevet klonet! Robot-Nelson og Robot-Kenny er hurtigere, klogere … og bedre dansere end dem! Men da klonerne går fuldstændig amok på skolens sommerlejr, må rigtige Nelson og Kenny træde til og klare ærterne!
NELSON er en ninja. Han er ikke den flotteste eller den mest cool. Men han er verdens mest NØRDEDE ninja! Og nu skal han stoppe en flok vilde dyr, der går AMOK i byen! Derfor har han brug for sin JET-PACK og sine NINJA-EVNER!
Cirkus er kommet til byen, og Nelson og hans venner har fået en chance for at være med i forestillingen! Publikum kommer til at elske Nelsons fantastiske ninja-evner! Men hvad skal Ninja-Nelson gøre, da der opstår gigakrise i det store cirkustelt?!