I Onkel Toms hytte følger vi den gode, pligtopfyldende slave Tom. I starten af bogen er Tom en dybt værdsat og betroet slave hos en rar, hvid familie i Kentucky, men da familien kommer i store økonomiske problemer, bliver de – meget imod deres vilje – nødt til at sælge Tom. Han ender til sidst hos den brutale slaveejer Legree i Louisiana. I mellemtiden arbejder han som slave forskellige steder, men må leve adskilt fra sin kone og sine børn. Ud over Tom hører man bl.a. om Eliza og hendes mand George, der stikker af i håbet om at opnå frihed i Canada, om den lille, hvide pige Eva, der tydeligt fornemmer slavernes lidelse, og som bliver tæt knyttet til Tom, og om den uvidende slavepige Topsy, der bliver Evas veninde.