Himlene og jorden handler om menneskets evne til at forestille sig den fuldkomne verden. Romanens centrale skikkelse er den alexandriske filosof Hypatia, som blev dræbt i år 415 e.Kr. I centrum for fortællingen står desuden hendes by Alexandria, og dens omtumlede historie fra oldtid til nutid. På nutidsplanet følger vi to rejsesvende - Bellepok og hans tjener Lepas - og deres nedstigning til jorden fra den himmelske by Hypateia, som er inkarnationen af Hypatias tanke om den fuldkomne by.